Selama menjadi dosen dan belajar di Amerika Serikat sangat sering menghadiri seminar dan simposium di dalam dan luar negeri. Juga, sering menulis dalam jurnal (Informasi, Sigma Pi Gama dan Mizan), majalah (Panji Masyarakat, Suara Muhammadiyah, Dermaha, Ishlah dan Genta) dan surat kabar (Mercu Suar, Abadi, Adil dan Kedaulatan Rakyat).

Buku-buku yang telah ditulis antara lain Gerakan Komunis di Vietnam, Mengapa Vietnam Jatuh Seluruhnya ke Tangan Komunis?, Aspirasi Umat Islam Indonesia (tulisan bersama), Percik-Percik Pemikiran Iqbal (bersama Mohammad Diponegoro), Dinamika Islam: Potret Perkembangan Islam di Indonesia, Duta Islam untuk Dunia Moderen (bersama Mohammad Diponegoro), Islam, Kenapa Tidak! dan Orientalisme dan Humanisme Sekuler (bersama DR. M. Amien Rais), Masa Depan Dalam Taruhan (2000), Mencari Autentisitas (2004), Meluruskan Makna Jihad (2005), Menerobos Kemelut (2005), Menggugah Nurani Bangsa (2005), Titik-titik Kisar di Perjalananku (segera terbit 2006), dan Tuhan Menyapa Kita (segera terbit 2006).

Hingga sekarang, dia masih aktif sebagai kolumnis dan pemakalah di dalam dan luar negeri. Sedangkan penghargaan yang pernah diperoleh oleh beliau diantaranya adalah Hamengku Buwono IX (2004) atas kegigihannya memperjuangkan kehidupan yang harmonis membangun hubungan antar agama yang baik, Magsaysay Award pada tahun 2008 (Manila, 31 Agustus 2008) untuk kategori Peace and International Understanding, Bacharuddin Jusuf Habibie Award 2010 dalam bidang khusus Harmoni Kehidupan Beragama, Tokoh Perbukuan Islam 2011 (4/3/2011) dari Islamic Book Fair (IBF) Award atas karya-karyanya yang dinilai banyak memberikan inspirasi serta kontribusi bagi perkembangan perbukuan di Indonesia terutama mengenai buku-buku Islam, Masyarakat Ilmu Pemerintahan Indonesia (MIPI) Award pada tahun 2011 (28/5/2011) untuk kategori Tokoh Pemerhati Pemerintahan atas kinerja Buya yang tidak henti-hentinya memeberikan masukan yang kritik-konsruktif, dan yang paling hangat ialah penghargaan Lifetime Achievement Soegeng Sarjadi Award on Good Governance untuk kategori Intelectual Integrity dari Soegeng Sarjadi Syndicate (18/8/2011) yang menganggap Buya sebagai tokoh yang terus-m,enerus memperjuangkan hak-hak publik melalui kritikan dan ajakan untuk menegakkan keadilan di Indonesia.